Durante el proceso, el terapeuta trabaja con el paciente el sistema de procesamiento de esos sentimientos para identificar el problema específico que será el foco del tratamiento. El paciente describe el incidente traumático, a partir del cual es ayudado por el terapeuta para que seleccione los aspectos más importantes que más lo angustian de dicho incidente. En este proceso, a la persona le vienen a la mente partes del recuerdo traumático útiles para su mejora que parecían olvidados. El terapeuta interviene durante esté ayudándole a procesarlos adecuadamente.

El EMDR también se utiliza en el tratamiento de las emociones, fobias, ataques de pánico, pérdida de un ser querido y para resolver incidentes traumáticos en la infancia o por accidentes o desastres naturales.